Pramuka (Wajib)
Karate
Basket
Kegiatan Ekstrakurikuler
Sebagai upaya menumbuhkan minat dan bakat peserta didik pada beberapa aspek pengembangan diri yang lebih spesifik, Primary GIS 3 Jogja juga menyelenggarakan kegiatan ekstrakurikuler yang dilaksanakan di luar jam pembelajaran intrakurikuler. Adapun kegiatan ekstrakurikuler yang dilaksanakan peserta didik antara lain:
Panahan
Renang Putri
Seni Suara (Vokal)
Renang Putra
Seni Lukis
Seni Tari
Coding
Aero Modeling
Robotik
